Câu chuyện trong phim bắt đầu từ khi cô bé Ofelia cùng mẹ chuyển đến ở cùng cha dượng là đại úy Vidal, một tên chỉ huy tàn ác của chế độ độc tài. Vidal ám ảnh với việc phải có một đứa con trai và mẹ của Ofelia đang làm "nhiệm vụ" đó. Sức khỏe của mẹ Ofelia càng ngày càng yếu với sự lớn dần lên của đứa con trong bụng.

Một ngày nọ, Ofelia được một con bọ kỳ lạ dắt vào khu rừng gần nhà. Tại đó, Ofelia gặp Pan (Thần Nông) – sinh vật nửa người nửa dê trong truyền thuyết. Pan dắt Ofelia vào mê cung và kể cho cô câu chuyện về nàng công chúa bị thất lạc khỏi vua cha của mình. Nàng công chúa phải thực hiện 3 nhiệm vụ để có thể trở về sống hạnh phúc vĩnh viễn tại vương quốc.

Thế là cuộc hành trình của Ofelia trong mê cung kỳ dị bắt đầu. Cô bé phải thực hiện những nhiệm vụ khó khăn, gặp gỡ những nhân vật quái đản, dị hợm. Những con quái vật nhai đầu người, những tên quỷ dữ tợn có con mắt nằm ở bàn tay. Xen lẫn trong thế giới u ám đầy sợ hãi dưới lòng đất của Ofelia là cuộc sống đẫm máu ở hiện tại, nơi tên đại úy Vidal ngày ngày ra sức bắn giết, tiêu diệt những người ở phe chống đối.